El Museo de la catedral merece atención aparte, ya que en el se guardan importantes pieza de orfebrería, pintura medieval y reliquias.

El acceso al recinto se realiza a través de la casa de l'Almoina, junto a la torre del campanario, y se llama así porque en ella, el cabildo repartía limosna y pan a los pobres. En la entrada aun esta la mesa en la que se guardan las piezas.

En el interior del museo destacaremos especialmente los "rimmonims", fabricados en plata en el siglo XIV, proceden de la Sinagoga de Cammerata de Sicilia y que se utilizaban en la lectura de las Sagradas Escrituras.

Piezas únicas en el mundo han sido repetidas veces objeto de deseo, como lo demuestra que ya a principios de siglo quisieron comprárselos al obispo Campins y, solo como paso previo a las negociaciones, le regalaron una momia egipcia, que hoy se encuentra expuesta en el museo del seminario.

Pero no hace muchos años un representante del gobierno de Adenauer, pretendió hacerse con ellos. El objetivo era regalárselos al pueblo de Israel para compensar los horrores nazis, para ello trajo cartas de recomendación de Castiella, ministro de asuntos exteriores de Franco y de familiares de los borbones. Solo para abrir la boca ofrecieron al obispado un hospital o un instituto, después se hablará del precio, acuerdo para el que en palabras de un portavoz alemán no existirían obstáculos. Pero hubo uno importante, no estaban en venta.

También podemos ver el altar que llevaba Jaume I el conquistados. Se trata de un díptico de plata que contiene reliquias de santos.

La custodia mayor, que sale cada año durante la procesión de Corpus Chisti, esta realizada en plata dorada y pesa 120 kilos. Bajo el lugar donde se halla ubicada se descubrió un pozo en el que se encontraron restos humanos, se cree que proceden de quienes vivieron el encierro en la torre del campanario.

Otra obra notable de la orfebrería so los dos candelabros barrocos de plata maciza, diseñados por Joan Roig y labrados por Joan Matons a lo largo de once años, llegaron a la catedral en Octubre de 1721, cien años después estuvieron a punto de ser fundidos como fianza de un préstamo hecho por el gobierno y dos años después, 1823, para acuñar moneda. Quien tambien expreso su deseo de poseerlos fue Haile Helaisse, emperador de Etiopía, durante su visita realizada en 1967.

Dentro de las numerosas reliquias que se guardan en este museo podemos destacar un trozo de cruz de Jesucristo -Vera Cruz-, uno de los mayores del mundo; tres espinas de Cristo, guardadas en un relicario de plata dorada, fabricado en Mallorca y regalado a la catedral por el gremio de los navegantes y el brazo de Sant Sebastià traído en 1523 por el arcipreste de Rodas.